2004年，国家启动了森林生态效益补偿制度，对区划界定的国家重点公益林进行生态效益补偿，补助标准为每年每亩5元。我区第一批纳入中央森林生态效益补偿的重点公益林面积有4700万亩，占全区应补偿面积的61．3％，占国家2004年新增重点公益林补偿面积2亿亩的近1／4，国家下拨补偿基金2．371亿元。按照财政部要求，我区有6个盟市、41个旗县首批获得了国家生态效益补偿。其中，呼伦贝尔市590．3万亩，兴安盟307．5万亩，通辽市53．1万亩，赤峰市1951．1万亩，锡林郭勒盟29．8万亩，阿拉善盟1768．2万亩。
森林生态效益补偿是我国林业的一项长期制度，是国家和社会对森林生态效益价值的承认和认可，为森林资源保护管理提供了稳定的资金来源，对我区解决“三农”问题、加强生态建设、巩固生态建设成果和实现人与自然的和谐具有重大意义。自治区林业厅和财政厅已于2005年初联合召开会议，部署了我区实施重点公益林生态效益补偿基金工作。目前，我区森林分类区划界定工作已经完成外业补充调查、区划界定、内业汇总、质量检查和成果评审5个阶段的工作，区划界定范围包括全区12盟市的52个旗、17个县、15个市、16个区和8个林业局共109个单位。
